小便时龟头疼可能是尿路感染、龟头炎、输尿管结石等原因引起，需要根据不同的原因选择合理的方式治疗。
1、尿路感染尿路感染可能会引起尿道黏膜出现炎症反应，容易引起尿痛的症状，可以遵医嘱口服三金片、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物。
2、龟头炎平时不注重局部的卫生清洁和不洁的性生活容易引起感染，有可能会引起龟头炎，导致小便时龟头疼，可以在医生指导下使用高锰酸钾溶液、硼酸溶液等药物进行清洗。
3、输尿管结石肾结石下降有可能会进入输尿管内，形成尿痛的症状，可以在医生指导下进行体外冲击波碎石治疗、激光碎石治疗等方法治疗。
除上述原因外，也不排除是尿道结石或者肿瘤等原因引起，需要到医院进行明确检查，对症性的治疗。
